O Palácio possui um conjunto de azulejos do final do século XVIII, da Fábrica do Rato, que se encontram ainda hoje no local original, de entre os quais se destacam os silhares ornamentais das salas do andar nobre, do maior interesse para o seu estudo, para além dos azulejos de padrão.

Este conjunto de azulejos que reveste o Palácio de Sant'Anna, datados de 1790-1800 inserem-se no contexto do Azulejo no século XVIII e mais precisamente no Azulejo Neoclássico em Portugal, em que estes painéis se integram não só pela época como pelo estilo.